边牧蓝眼睛是怎么回事？
首先，需要肯定的是，纯种边境牧羊犬有两种颜色：灰白（黑）与蓝白（灰）。 导致这两种不同毛色基因的染色体位于X染色体上。 所以无论是公狗母狗，只有有一条X染色体从父方传承自黑色基因的时候才会表现为黑色；而其他所有的颜色都在另外一条X染色体上的隐形基因控制下表现出来。 也就是说，如果一只公边境牧羊犬携带有两份黑色的X染色体，并且把其中一份传递给后代的话，那么他的后代就有25%的概率出现黑色；而如果是一只母犬，只要其中一个X染色体来自黑色基因的话，那么她的后代一半的概率出现黑色。 而除了黑色之外的其他毛色（灰色、咖啡色等），都是由一个或者两个不传给下一代的显性基因控制的，所以不会出现全蓝、全灰的情况。
而题主提到的两只纯种蓝色边界牧羊犬小狗，很有可能是在不同母亲那边得到了一对来自同一个外祖父的蓝白染色体，所以表现为同一种毛色。 而杂种黄色边境牧羊犬的小狗则有可能是一黄一黑两只母犬所生，分别继承了两只母犬的染色体的颜色，为黄色和黑色，混合在一起就是淡黄色。
当然，这只是最可能的一种解释，不过确实符合遗传学的规律。至于为什么会有这样的毛色遗传，目前还没有研究清楚。